Если в заявке только часть устройств успешно верифицированы, нужно подать снова только на те IMEI, которые не прошли верификацию?

Да все верно.

Если по результатам проверки сведений, указанных в заявке, только часть устройств успешно верифицированы, то статус такой заявки будет «верифицирована частично» с указанием причин неуспешной верификации по соответствующим устройствам из заявки.

Успешно же верифицированные устройства из заявки будут переданы в БДИК для включения в «белый список. Подавать повторно на них заявку нет необходимости.